三千年前，维达一族摧毁了电磁星，余下的电磁星人乘搭一座电磁岛前往地球。但岛上混进了维达怪物，电磁星人与它们展开战斗。其后电磁星人和维达怪物全部战死，岛上只剩下一只机械犬IC。 三千年后，维达一族入侵地球，此时电磁岛唤醒了IC。IC召集了五位战士组成电子战队电磁人，让电磁人与维达一族战斗。
故事以前作《科学小飞侠Crowds》的后续剧情展开。距离“立川事件”已经过了一年，当初贝尔库·卡切赋予尔乃美家累的力量“CROWDS”在日本首相菅山的推广之下已在人类社会当中广泛普及。然而仍然存在着对此感到不满的人们，此时菅山遭到不明人士的袭击，GATCHAMAN的全新战斗就此揭开序幕。
战争之后，日本被分为南北两个部分。美军统治下的青森县，少年藤泽浩纪和白川拓也都喜欢同年级的同学泽度佐由理。他们的心中都有佐由理，还有那个东西——边境以北的津轻海峡，日本北海道联盟建立的高耸云端的“塔”。巨大而神秘的的塔，是三位少年少女的向往，他们约定，建造小型飞机，飞向 塔去一探究竟。 中学三年级佐由理转学到东京。两位少年放弃了制造飞机的打算。浩纪考进东京的高中，拓也继续留在青森的高中就学，彼此在各自的道路上越走越远。 但是，多年后，佐由理在医院中陷入沉睡！这突如其来的病症让三人再次聚在一起。沉睡的病症，与塔的力量有神秘的联系，而塔本身，似乎也成了日本南北开战的据点。 卷入战争与爱情的三人，到底是救佐由理，还是救世界！命运的解答，似乎就在云的那一端，他们曾经约定的地方。
我和班上同学结婚了。而且是校内最难应付、有如天敌一般的女生。 高中生北条才人和班上同学结婚了，对方是在校内最处不来、宛如天敌的女生‧樱森朱音── 「要是对班上的人说出我们结婚的事，我就杀了你。」 「我也不想被人知道自己结婚了，一点好处也没有。」 平常相互厌恶的两人冲突不断，根本不可能顺利度过新婚生活。但在日常相处之中，他们拉近彼此的距离，共同创造快乐的时光，逐渐理解对方。才人这才发现朱音不为人知的可爱一面，朱音也慢慢察觉隐藏在自己内心的情感……难以坦率的两人，心动的新婚生活就此开幕──！
「为了让来未回想起活着的感觉，我成为了人类。」 春和来未过着平淡而幸福的生活。 本以为会一直这样下去，突如其来的飞机事故却打破了这一切。 刚吵完架还没有解开误会的来未就这么失去了至爱的春。 来未失去了活下去的力气。 为了找回春的笑容，来未找来了和春长相一摸一样的智能机器人。 于是，来未和机器人春生活在了一起。 机器人春的依靠是来未曾经写下愿望的——魔方。 只要对齐魔方的颜色，就能够看到来未满溢的思念。 正当机器人春和来未渐渐的接受了对方，这时却……
明治政府建立二十余年，新时代虽已来临，却似乎与人们心中——尤其是维新志士心中的那个理想国度相差甚远。国家仍处在大时代的动荡惶恐之中，战争的阴影仍笼罩在日本的上空。 当年的浪漫剑客如今纷纷尘埃落定：弥彦成长为正直善良的剑客；左之助也少却了青春孟浪，变得沧桑；剑心的儿子剑路同样拜入比古清十郎的门下，誓要成为绝世高手，却与父亲分外隔膜；剑心接受政府的任务赶赴大陆战场，为了赎回前半生的罪过而疲于奔命，逆刃刀从此封存，家中只留下病弱的阿薰苦苦等待。 这不再是关于明治剑客的浪漫谭，这是一个英雄迟暮的哀婉诗篇……
在那次事故之后，我妻由乃（村田知沙 配音）恢复了平常的生活。炎炎夏日，她所在的学校组织了海滨夏令营，在碧海蓝天之下，由乃和日野日向（松冈由贵 配音）、野野坂真央（由加奈 配音）、高坂王子（白石稔 配音）等好友快乐玩耍，享受着青春瞬间。然而在她心底，似乎依稀隐藏着对天野雪辉（富樫美铃 配音）的些许记忆。那一闪而过的片段，搅扰她的心神，以致无论如何也要弄清那名男孩的下落和踪迹。借着这份执念，她穿越层层时空，渐渐靠近时空之神Deus（若本规夫 配音）的所在地。下一位神的人选悬而未决，由乃的介入将会令事态如何发展？ 本片根据えすのサカエ的原作改编，为该系列动画的OAD版。
OVA，共8卷 第1期（1989年） * 白い恋人たち（1989年2月15日レンタル開始、3月1日セル開始） * ハワイアン・サスペンス（1989年3月15日レンタル開始、4月1日セル開始） 第2期（1989年） * 吾輩は猫であったり おサカナであったり（1989年12月27日） * ハリケーン! 変身少女あかね（1990年2月1日） * 恋のステージ HEART ON FIRE! 春はアイドル（1990年5月1日） * 恋のステージ HEART ON FIRE! スター誕生（1990年7月1日） 第3期（1991年） * 思いがけないシチュエーション（1991年1月18日） * ルージュの伝言（1991年1月18日）
暗黒紐宇宙にある「キョアック星」はこれまで宇宙の多くの星を侵略し、配下に収めてきた。そしてその魔の手は地球にも差し迫っていた。ちょうどその頃、国分寺博士はオーバーテクノロジーを持つ「超古代縄文人」がキョアック星人の侵略を予期して描いたという巨大ロボットの壁画をもとに、合体ロボット「ゲキ・ガンガー3」を作り上げた。地球の緑を守るため、ゲキ・ガンガー3はキョアック星人の「メカ怪獣」と死闘を繰り広げる…。
空（松冈祯丞 配音）和白（茅野爱衣）是网络世界里人尽皆知的传奇人物，两人在虚拟的战斗中所向披靡，甚至被称为传说一般的存在。然而，在现实世界中，兄妹两人却是连家门都不敢出的“御宅族”，患有严重的人群恐惧症。 某日，空和白收到了一位陌生少年传来的讯息，因而被召唤到了异世界中 ，在这里，人类种、森精种、天翼种和机凯种生活在同一片土地之上，这里没有战争和暴力，有的只是一场又一场无休无止的游戏，一切利益和权利，皆由游戏的结果决定。弱势的人类种在游戏中节节败退最终蜗居在最后一片净土之上，空和白的到来能否改变这悲惨的现状？
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