作为蔷薇师团的团长，泷（千叶进步 配音）必须保持清净和高洁，只有这样，他才能够担负得起两万士兵的期望和信任。一直在泷身边守护着的，是一个名叫克劳斯（井上和彦 配音）的异国男子。他对幼年时的泷一见钟情，为了能够在他身边，他放弃了自己的国籍和尊严，同时也背负着同僚异样的眼光。这一切都打不倒克劳斯与泷在一起的决心，但真正令他愤怒与不解的是，曾经邀请他来到他身边的泷，却对真正履行了诺言的他态度极其冷淡。
　　泷有着他自己的难言之隐，但高傲的性格让他在面对克劳斯的时候无法坦白自己的内心，就是在这样的情况下，克劳斯无法自持的做出了伤害泷的事情。战争开始了，对于克劳斯的谣言愈演愈烈，安全局将他作为叛徒逮捕，严刑拷问，可是克劳斯秉着对泷的忠诚不吐露半字。军方想要铲除已经毫无价值的克劳斯，就在这紧要关头，泷美丽的身影出现在了克劳斯的面前。

　　十年前，东京出现了一个不能解释的领域。从那片领域走出的人获得了一种特殊的超能力——可以随意夺取他们的性命。却如恶魔般从此失去了梦与心。那片神秘的区域被叫做地狱门，而那些因此获取超能力的人被叫做契约者。美国的CIA，英国的MI6，日本的警视厅统统对神秘的地狱门进行了调查研究，甚至那个庞大的神秘组织潘多拉也开展行动，妄图消灭契约者们。知道真相的契约者们则团结在一起进行对抗。而另一方面，有着“黑之死神”之名的黑（木内秀信 配音）接受命令执行着组织的任务，同时也一直在寻找5年前失踪的妹妹。在执行任务的过程中黑偶遇之前的恋人琥珀（川上伦子 配音），发现眼前此人似乎隐藏着一些不为人知的秘密。
　　究竟黑会不会知道琥珀真正的身份？他和妹妹是否能重逢？而人类和契约者的情况会如何发展？

　　失去亲人的痛苦让九路敬一郎（柿原彻也 配音）丧失了生活的热情，热爱音乐的他已经很久没有碰过那把曾经珍爱的吉他了。一天，敬一郎在垃圾堆里看到了一个少女模样的机器人，她的名字叫小花（浅野真澄 配音）。因为型号过去老旧，小花被曾经的主人残忍的抛弃了。在这个夏天，这个雨季，小花和敬一郎相遇了，一段传奇般的缘分开始运转。
　　为了使消沉的敬一郎振作起来，个性有些迷糊的小花学习起了唱歌，可是，越来越频繁的机能中断使小花一次又一次的失去了意识。在弥留之际，敬一郎带小花来到了她梦寐以求的海边，望着蔚蓝的大海和身边的朋友，小花的口中，竟然哼唱起了敬一郎所谱写的乐曲。小花离开了，但取而代之的是一枚用她的核心所制成的八音盒，小花的歌声，将永远陪伴在敬一郎的左右。

 以成为神奇宝贝大师为目标，小智（松本梨香 配音）、小刚（うえだゆうじ 配音）和小光（豊口めぐみ 配音）带着各自的神奇宝贝在世界各地进行艰苦的修业之旅，今天他们历经长途跋涉终于来到了风景秀美的米琪亚镇。在当地一对小兄妹的介绍下，小智一行前往神殿遗址游玩。谁知却遭遇了极其危险的情况。关键时刻，掌管时间的迪亚鲁加和守卫神殿的西娜（北乃きい 配音）、凯宾（岸祐二 配音）帮助了他们，能与神奇宝贝心灵沟通的西娜还熄灭了冥王龙的怒火。从西娜口中得知，创造了世界的神奇宝贝即将苏醒，它不仅会使时空扭曲错乱，还将为世界带来毁灭性的灾难…… 本片为神奇宝贝系列第十二部电影剧场版。

　　故事发生在和平宁静的空美町，平凡的少年樱井智树（保志总一朗 配音）过着独居的生活。每晚，智树都会梦见有天使从天而降，虽然被梦境所困扰，但智树的每一天依然能称得上是风平浪静。某一日，名叫伊卡洛斯（早见沙织 配音）的不明生物降落到了智树的身边，有着一张可爱面孔的她，后背上却长着硕大的羽翼。难道梦境中的一切变为现实了？
　　善良的智树收留了伊卡洛斯，他的温柔和陈恳打动了这位本该无情的天使。之后，妮姆芙（野水伊织 配音）和阿斯特蕾亚（福原香织 配音）两位天使也被智树感化留在了他的身边。这些天使们从何而来？为何而来？在她们的背后，似乎隐藏了许多不为人知的秘密。